Akvamarin sten har været anvendt i mange hundrede år – hvorfor den gennem tiderne også har haft forskellige betydninger og anvendelser. Romerne troede, at en akvamarin med et lille frøsymbol i, kunne stoppe splid mellem parter og (gen)oprette venskab. De var også glade for at give akvamariner i bryllupsgave, da de troede, at stenen kunne indfange atmosfæren ved de unges elskov. Akvamariner er også fundet begravet sammen med mumier i Egypten, hvor stenen mentes at lindre smerte og sikre godt helbred.

I middelalderen anvendtes akvamarinen som krystalkugle, da man troede, at man ved at bruge stenen i ritualer sammen med vand, kunne få et glimt at fremtiden. Enten blev kuglen hængt over et fad med vand, hvor den kun lige akkurat ramte vandoverfladen, eller også lå den helt nede i vandet. Mange troede også, at blot det at bære stenen på sig, beskyttede én mod gift. Hertil har man troet, at akvamarinen ydede beskyttelse når man var ude på havet, hvorfor det har været en yndet talisman for sømænd.